La LPO a signé un certain nombre de conventions avec des partenaires, pour des collaborations spécialisées :
- avec l'ONF, pour œuvrer à la prise en compte de la biodiversité dans les milieux forestiers,
- avec l'ONCFS, pour collaborer à des études relatives à la faune sauvage (anatidés et limicoles notamment, analyse toxicologiques d'oiseaux morts d'empoisonnement etc...)
- avec la Fédération des Parcs Naturels Régionaux de France, pour collaborer sur des projets de territoires, des enquêtes participatives, des inventaires,
- avec le ministère des Armées, pour préserver les sites de nidification du Gypaète barbu, pour réaliser des inventaires ornithologiques sur les terrains militaires,
- avec le MNHN, pour développer les sciences participatives, et collaborer sur les études et suivis ornithologiques,
- Avec la ANPCEN, pour développer les actions de sensibilisation contre la pollution lumineuse,
- etc.