La LPO est un gestionnaire majeur pour la préservation des milieux naturels terrestres et côtiers. Depuis 1912, elle agit au quotidien pour préserver les habitats, la faune et la flore de ces espaces remarquables, particulièrement dans l'Ouest de la France depuis les années 80. Son champ d'action s'étend également en Outre-mer en partenariat avec les relations ornithologiques et naturalistes locales.
Cet engagement se concrétise par la gestion des réserves naturelles nationales et régionales, l'acquisition foncière des espaces naturels, la mise en place de conventions de gestion avec les propriétaires privés, les collectivités territoriales ainsi qu'avec le Conservatoire du littoral et également par la mise en place de mesures de gestion agricoles et forestières favorables à la biodiversité.
La LPO intervient également en apportant son expertise aux administrations, aux collectivités territoriales et aux entreprises sur le patrimoine naturel. Elle concourt ainsi à la protection d'espèces et d'habitats menacés dans la construction et la gestion des sites Natura 2000 et à intégrer l'intérêt pour la biodiversité aux projets de développement durable.
En 2014, le réseau LPO est gestionnaire de plus de 27 000 hectares de milieux naturels, dont près de 15 000 ha en réserves naturelles et plus de 1 600 ha en propriété. Ces espaces naturels sont répartis sur 186 communes, 35 départements et 16 régions et comprennent 11 Réserves naturelles nationales et 7 Réserves naturelles régionales.