Le Conseil National (CN) réunit les Associations locales, groupes, relais deux fois par an. Il est une instance de réflexion, de concertation et de proposition auprès du Conseil d'Administration de la LPO. Le CN a pour objectif d'évaluer, de dynamiser et d'initier les actions de la LPO et de son réseau dans un souci de cohérence, d'efficacité et de convivialité. Le 1er CN s'est déroulé en septembre 1991.

Au titre de l'article 12 des statuts de la LPO : « Le conseil d'administration peut désigner certains membres personnes physiques, ou, après signature d'une convention, certaines personnes morales, comme correspondants locaux, départementaux et régionaux...

La LPO peut réunir l'ensemble de ces correspondants dans le cadre d'une instance de réflexion, concertation et proposition. » Par l'article 9 de son règlement intérieur, la LPO précise : « L'ensemble des correspondants de la LPO peut se réunir dans le cadre d'une instance interne de réflexion, concertation et proposition auprès du conseil d'administration et qui prendra le titre de conseil national.

Le conseil national expose ses travaux au conseil d'administration grâce au délégué national ; ce dernier est nommé régulièrement par le conseil national.

Le conseil national définit les modalités de son fonctionnement interne avec l'accord du conseil d'administration de la LPO. »
La charte de fonctionnement (annexe à la convention de coopération) entre la LPO et les associations locales stipule, dans l'article 2.1 : « Le Conseil National est une instance de réflexion, de concertation et de proposition. Dans un esprit de cohésion, il définit des positions communes, avis, recommandations, qui sont transmis au Conseil d'Administration de la LPO France pour validation et adoption. Il peut disposer d'un règlement intérieur ou de règles de fonctionnement.

L'Association locale LPO est membre de droit du Conseil National. Elle s'engage à participer à ses travaux et à contribuer à son organisation. Avec les autres Associations locales LPO, elle élit au sein du Conseil National un Délégué National et deux Adjoints pour une durée de deux ans renouvelable une fois.

Le Délégué National anime et coordonne les travaux du Conseil National et s'assure l'application des décisions prises. Il représente le Conseil National auprès du Conseil d'Administration de la LPO France.

En cas de décision à prendre dans l'urgence, le Délégué National peut exceptionnellement organiser une consultation par écrit des Associations locales LPO. Son avis circonstancié sera retransmis directement au Bureau de la LPO France afin qu'il puisse statuer rapidement et ses décisions seront retransmises respectivement au Conseil National et au Conseil d'Administration.

De façon plus générale, l'Association locale LPO collaborera, conformément aux statuts de la LPO France, dans un souci permanent de concertation et de dialogue, avec les autres Associations locales et représentants de la LPO France.