Sarcelle d'hiver (Anas crecca)
Si cette espèce est très rare en période de reproduction à Saint-Denis-du-Payré et n'a apparemment pas niché depuis plusieurs dizaines d'années, il en va tout autrement à la mauvaise saison. Le plus petit des canards de surface européens devient alors l'espèce la plus commune avec plusieurs milliers d'oiseaux. Avec d'autres espèces comme le Vanneau huppé, elle est fréquemment la proie préférée de certains rapaces et ses envols répétés sont alors souvent synonymes d'une attaque menée par l'un d'entre eux. Son vol rapide et agile, avec de brusques changements de direction, lui permet en général d'échapper aux serres de ses prédateurs.
Spatule blanche (Platalea leucorodia)
Facilement reconnaissable à son bec, la Spatule blanche est un migrateur régulier sur la réserve mais c'est surtout en juillet-août, lorsqu'elle redescend vers l'Afrique, que vous aurez le plus de chance de l'observer. A cette époque, plusieurs dizaines, voire plusieurs centaines d'oiseaux, peuvent stationner sur la partie centrale de la réserve. Essentiellement issus de la population nicheuse de Loire-Atlantique, ces oiseaux utilisent la réserve comme zone de remise, attirés par sa tranquillité. Depuis quelques années, suite à l'augmentation des populations de Brière et du lac de Grand-Lieu, Saint-Denis-du-Payré est ainsi devenu l'un des principaux secteurs de stationnement post-nuptial pour l'espèce en Vendée.
Barge à queue noire (Limosa limosa)
En Europe, deux sous-espèces de Barges à queue noire sont présentes, limosa en Europe continentale (principalement aux Pays-Bas) et islandica en Islande. Si cette dernière est considérée comme étant en augmentation, la sous-espèce nord-européenne a vu ses effectifs se réduire de façon conséquente depuis quelques décennies. C'est l'intensification agricole et notamment la mise en culture des prairies naturelles qui explique cette lente érosion. En France, la Barge à queue noire est un nicheur rare et les deux grandes zones humides vendéennes (le Marais poitevin et le Marais breton) accueillent l'essentiel de la population nationale. Quelques couples nichent presque tous les ans à Saint-Denis-du-Payré.
Grue cendrée (Grus grus)
Connue pour ses vols migratoires en V, la Grue cendrée est un grand échassier nicheur d'Europe du Nord et de Scandinavie. En France, son hivernage est associé aux grands lacs champenois ou aux Landes de Gascogne. Pourtant depuis quelques années, son hivernage se développe aussi en Vendée, aux abords de la Baie de l'Aiguillon. Sa présence est encore modeste et l'on est très loin des dizaines de milliers d'oiseaux du lac du Der mais bon an mal an, ses effectifs augmentent. Depuis 2007, un dortoir s'est mis en place à Saint-Denis-du-Payré et accueille entre novembre et mars quelques centaines d'individus.
Élatine à long pédoncule (Élatine macropoda)
Rarissime en France, cette minuscule plante (de 4 à 10 cm de haut) est l'un des joyaux botaniques de la réserve. Uniquement présente dans l'Ouest et dans certains départements méditerranéens, elle est typique des zones humides temporaires et se développe en été aux bords des mares et autres dépressions. Elle profite alors de l'assèchement progressif des zones en eau pour coloniser les vasières qui se libèrent. Saint-Denis-du-Payré héberge l'une des deux stations connues en Vendée. A ce titre, ce petit végétal peu spectaculaire justifie, par seule présence, l'assec partiel ou total que connaît la partie centrale de la réserve chaque fin d'été.