La LPO s'investit et aide l'État à déployer toutes les étapes de construction du réseau européen Natura 2000 sur le territoire national :
- Inventaire et classement des sites
- Gestion locale (gestion directe, coordination d'acteurs, expertises biologiques...)
- Invention et test de méthodes de concertation, de contractualisation, de suivi, d'évaluation...
- Défense et valorisation du réseau (ex. membre du jury du Grand Prix Natura 2000)