Les atteintes à la biodiversité sont légion en France, en dépit de la règlementation. Ce sont par exemple les pièges, qui prolifèrent encore partout dans le pays. Par glue, matole, nasse, ou encore à mâchoire, les méthodes sont diverses, mais le résultat est toujours regrettable. Certains de ces pièges captureront des espèces protégées, à dessein ou par accident.
Un autre enjeu sur lequel la LPO est mobilisée est le braconnage de l'ortolan, ainsi que d'autres petits passereaux (chardonnerets, rouge-gorge, pinsons, verdiers), essentiellement pratiqué dans les Landes. Chaque année, la LPO porte plainte contre le braconnage de cette espèce qui s'effectue à l'aide de matoles, pièges qui capturent l'ortolan vivant. L'oiseau est d'abord attiré par un appelant, puis se dirige vers les grains de millet, répandus sous chaque matole. En picorant, l'oiseau déséquilibre la tige de fer qui retenait la petite cage et se retrouve prisonnier. Cette technique de chasse est aujourd'hui interdite en France.
La LPO estime que les prélèvements effectués par cages pièges, pour des raisons de tradition gastronomique, et pratiqués dans les Landes de la mi-août à fin septembre, touchent entre 30 000 à 50 000 oiseaux selon les années, soit l'équivalent des populations nicheuses du Benelux, de l'Allemagne, du Danemark, de la Tchéquie, de l'Autriche et de la Slovaquie réunis.
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