Les 507 sites Natura 2000 (ZSC directive Habitats et ZPS directive Oiseaux) activement suivis lpar la LPODès 1979, la LPO fut au cœur de l'inventaire des Zones importantes pour la conservation des oiseaux (ZICO) et de leur désignation en Zones de protection spéciale (ZPS). Elle a réalisé plusieurs enquêtes ZICO et ZPS pour le Ministère pour évaluer si le réseau des ZPS abrite une proportion représentative des populations nationales des oiseaux protégés en Europe.
Dès 1992, elle a joué un rôle actif dans la désignation de 250 Zones spéciales de conservation (ZSC), en particulier en Poitou-Charentes.
En 1996, elle a initié le programme expérimental « Life Natura 2000 » et piloté 2 des 35 sites expérimentaux : la « Moyenne vallée de la Charente, des Seugnes et du Coran » (Charente-Maritime) et la " Forêt de Moulière-Pinail (Vienne).
Elle a ainsi contribué à créer la méthode nationale d'élaboration des Docobs (Documents d'objectifs), et co-rédigé le guide méthodologique.
Elle est un partenaire référent :
membre du Comité National de Suivi Natura 2000- membre des comités de pilotage des guides méthodologiques Natura 2000 (Docobs)
- intervient dans la formation des futurs opérateurs Natura 2000
- interventions lors des Journées d'Echanges Techniques nationales
- initiateur de la pépinière de sites web Natura 2000
- membre du jury du Grand Prix Natura 2000
- pilote, pour le Muséum d'Histoire Naturelle, de la réalisation des Cahiers d'Habitats Oiseaux , document national de référence pour élaborer les Docobs des ZPS
En 2009, elle a réalisé la 1ère évaluation française des résultats de 11 ans de mise en œuvre d'un Docob (Moyenne vallée de la Charente, Seugne et Coran).
Depuis 2012 (dès 1998), elle anime la gestion d'un nombre croissant de sites Natura 2000 (50 000 ha pour le seul Poitou-Charentes).